Ручные меры или (что правильнее) Manual Actions (Меры, принятые вручную) - согласно самому названию означают вмешательство команды Google по борьбе в поисковую выдачу с целью пресечения нарушений сайта или группы сайтов.

Ручные меры накладываются:

• в ходе плановых проверок
• в ходе технических работ
• по ходу обработки поступившей жалобы

Распространённые виды ручных мер Google.
Спам в расширенных описаниях.
Отключается микроразметка и расширенные описания для сайта. Выдают, например, за фальшивые рейтинги. Вообще отображение сайтов регулируется алгоритмически, поэтому подобный вид мер можно получить только по жалобе "друзей сайта".
Пример входящего письма от команды по борьбе с веб-спамом:

Мы обнаружили на Вашем сайте страницы, на которых разметка структурированных данных не соответствует нашим рекомендациям. Расширенные описания таких страниц не будут появляться в результатах Google Поиска. Эти меры были вручную применены к сайту site.com. Исправьте разметку и запросите повторную проверку. Если сайт будет соответствовать нашим рекомендациям, мы отменим принятые меры.

Агрессивный спам.
Много тизеров и прочей дряни. Плохое состояние сайта, некачественный контент. Первое, что надо сделать - снять всю "монетизацию". Повторные меры за то же самое приведут к длительному бану. Кстати, переизбыток Adsense и РСЯ тоже в какой-то мере считается спамом при недостатке годного контента.
Пример входящего письма от команды по борьбе с веб-спамом:

На Вашем сайте был обнаружен агрессивный спам. Поэтому мы вручную приняли меры в отношении страниц по адресу *** для защиты от спама. К сайту или его отдельным частям могут быть применены и другие меры.

Неинформативное бесполезное содержание.
Бесполезный контент, дубли, плохое состояние сайта. Название было придумано ещё со времён актуальности сплогов. Снять очень трудно, потому что придётся в корне переписывать сайт, пока проверка не решит, что хватит. Кстати , попытки монетизировать чужие видеоролики с помощью сайта  являются отягчающими факторами при проверке.
Пример входящего письма от команды по борьбе с веб-спамом:

На этом сайте обнаружено значительное количество низкокачественных или малоинформативных страниц, содержание которых не представляет ценности для пользователей (например, страницы партнерских программ, шаблонные страницы, дорвеи, а также страницы, содержание которых было создано автоматически или скопировано с других сайтов).

Маскировка и скрытая переадресация.
Это вап-клик, кликандеры и подобные технологии перенаправления пользователей. Перенаправлять вообще никак нельзя, даже на приложение из Google Play. Достаточно снять скриншоты и отправить жалобу в Google. За вап-клик (редирект мобильных пользователей на платные подписки) наказание самое суровое - от нескольких месяцев до бесконечности. Отказывать будут в запросах на повторную проверку точно. Конечно могут и с первого раза разбанить, но только сайты, заслуживающие этого. Самое плохое отношение к порно-сайтам.
Что происходит с нарушителями.
Пример входящего письма от команды по борьбе с веб-спамом:

Мы обнаружили, что страницы на вашем сайте, которые видят посетители, отличаются от тех, которые предоставляются роботу Google. Например, пользователи определенных браузеров, устройств или с IP-адресами в заданном диапазоне могут перенаправляться на другие страницы. Поскольку маскировка и скрытая переадресация являются нарушением рекомендаций Google для веб-мастеров, мы вручную приняли меры в отношении site.com для защиты от спама. К вашему сайту или его разделам также могут быть применены и другие меры.

Искусственные ссылки на ваш сайт.
Тут всё просто. Накупили ссылки с анкорами "купить колбаса киев" (см. определение платных ссылок), накрутили рейтинг сайту. Команда по борьбе с веб-спамом выкручивает рейтинг в обратную сторону до нуля. Снять быстрее можно только, если большую часть ссылок удалите (именно удалить), а какой-то неудаляемый процент покупных беклинков занесёте в список через Disavow Tool. Сказки про слоников и конкурентов, что накупили ссылок тут не помогут, не тратьте время.
Пример входящего письма от команды по борьбе с веб-спамом:

Обнаружены признаки искусственных ссылок, ведущих на страницы вашего сайта, которые вводят в заблуждение поисковых роботов и используются для манипулирования показателями. Это могло произойти, если вы покупаете ссылки, которые учитываются в системе PageRank, или участвуете в программах обмена ссылками.

Андрей Липатцев (Google):

 Отклонять ссылки с таких доменов, как alexa_com, siteestimate_ru, umxi3_mrslove.com или tehnolognn_narod_ru нет никакой необходимости. Не надо работать "от списка имеющихся ссылок". Так можно копать до бесконечности. Работайте от списка закупок. Добивайтесь от предыдущего оптимизатора или бирж, где они закупались, исчерпывающего списка. Кроме него, Вам ничего больше не нужно.

Искусственные ссылки с вашего сайта.
Меры за торговлю и обмен ссылками. Прикол в том, что эти меры характерны для буржунета. В рунете встречаются редко.
Пример входящего письма от команды по борьбе с веб-спамом:

На страницах вашего сайта обнаружены признаки искусственных исходящих ссылок, которые вводят в заблуждение поисковых роботов или используются для манипулирования показателями. Это могло произойти, если вы продаете ссылки, которые учитываются в PageRank, или участвуете в программах обмена ссылками.

Возможно, этот сайт был взломан.
Это либо дырки на сервере, либо в движке, либо человеческий фактор. Если сайт распространяет гадости (трояны и т.д.), становится спамным, то к нему применяются меры. От надписи в сниппете, до искоренения его из индекса. Возможные варианты: клоакинг, вап-клик, подмена кеша и тайтлов. Как убрать это сообщение с сайта.

Справка: Меры, принятые вручную.
Полезные ссылки:
Купить ссылки или Меры, принятые вручную.
Как связаться с техподдержкой веб-мастеров Google.

В каких случаях восстанавливаются позиции после ручных мер?
Санкции, они же меры, принятые вручную действуют по-разному. Во-первых, полностью на весь сайт или частично на некоторые страницы. Во-вторых, всё зависит от сайта. Если он ранжируется чисто по покупным ссылкам, то после мер за ссылки (см. выше), позиций не будет.
Андрей Липатцев (Google):

Вы полностью упустили из виду, что для "оптимизации" сайта кто-то занимался покупкой ссылок. Эффект этого допинга рано или поздно должен был прекратиться, что и произошло. На данный момент Ваш сайт ранжируется так, как и должен, без учёта покупных ссылок.

Если сайт ранжируется по многим показателям, и ссылочное у него - это не главный фактор, или много естественных ссылок, то просадка будет незначительной. Меры за спам, как правило, позиции не затрагивают (потому что ссылочное - главный фактор в Google, но необязательный). Но если сайт ранжировался за красивости, возраст и удобства, то позиций не будет после снятия мер.