Периодически поисковики и их различные партнёры (например, Stopbadware.org - партнёр Google) проводят масштабные проверки, выявляют вредоносные элементы на сайтах и блокируют эти самые сайты в браузерах. Самая известная технология заложена в основе безопасности Chrome - Google Safe Browsing, которая анализирует вредоносный контент и его поведение, а так же собирает данные о нём с других антивирусных сервисов.

Безопасный просмотр: статус сайта от Google.

Антивирусы онлайн для файлов и ссылок:

• DrWeb онлайн сканер - проверяет ссылки и файлы, самый старый из всех антивирусных сканеров.
• Kaspersky Online Scanner - сделан на основе антивируса Касперского, проверяет только файлы объёмом не более 30 мб.
• Kaspersky Virus Desk - отправка файлов в Лабораторию Касперского на исследование.
• Bitdefender Quick Scan - онлайн сканирование файлов на вирусы, требуется установка клиента для Windows
• Eset Online Scaner - онлайн сканер от производителя Nod32, требуется установить клиент для Windows.
• ВирусБлокАда - онлайн проверка файлов.
• Securi Online Check - проверка ссылок и файлов на malware.
• Unmask Parasites - проверка веб-страниц на наличие вредоносных и подозрительных скриптов.
• urlQuery - онлайн сканер malware, анализ сайта на фишинг и т.п., очень полезный инструмент.
• Quttera -  онлайн сканер malware.
• HouseCall - онлайн сканер от TrendMicro, требуется установка клиента на компьютер.
• Panda Security Online Antivirus - онлайн сканер от Панда, требуется установка клиента.
• Не стоит забывать, что сайт, скачанный в папку на компьютер, можно и даже нужно просканировать любым качественным антивирусом: Авастом, бесплатным Касперским, Nod32 и т.п.

Агрегаторы отчётов антивирусов:

• VirusTotal - вирустотал онлайн принадлежит Google и данные оттуда поступают в Safe Browsing.
• Norton Save Web - проверка сайта по базе Norton.
• Jotty - комплексная проверка множествами антивирусов через отправку файлов.
• VirScan - комплексная проверка множествами антивирусов через отправку файлов.
• MetaScan Online - проверка файлов, хешей и ip-адресам по антивирусным базам на предмет malware.

Антивирусы для сайтов:

• IMUNIFY360 - комплексный продукт для серверов.
• Linux Malware Detect - антивирус для веб-серверов (установка антивируса maldet/clamav и сканирование файлов).

См. также:
Хром блокирует загрузку файлов.
Как запросить проверку на наличие или отсутствие нежелательного ПО.
Awp Snap. Полезные статьи про безопасность, взлом сайтов и т.п. (на англ).
Мой сайт заблокирован браузером, как содержащий опасное ПО.